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使用Diamond绘制晶体热椭球图

  • 用diamond打开cif文件,默认创建空白文件;通过点击如图所示的图标创建一个分子,通过点击右下方图标选择不同的缩放旋转功能;在Picture-Layout-Background将背景改为白色;

  • 点击Picture-Atom Designs,Style框里选择Octant,点击下面的More Settings, 设置阴影的颜色;Fill框里颜色都选白色,Border框颜色选择正常原子的颜色(常见原子默认即可);Weight框里设置边框的粗细,通常为0.3或0.4;下面的Inner框颜色与Border框相同;切换到Model and Radii选项卡,Model选为Ellipsoid。其它类型的原子设定都与此相同,氢原子不用设置,因为H没有各向异性;

  • 左键双击Diamond背景,弹出Representation对话框,把Rendering前面的勾去掉;
  • 按键盘上的Ctrl + A,选中所有的原子和化学键,随便双击一根化学键弹出Bond Design,把键的颜色改为黑色,键的粗细也可适当修改。
  • 左键双击右下角原子图示,弹出如下图的Legend选项,将颜色改为黑色即可看到元素名称。
  • 注意:只有在no tracking模式下(箭头)才能双击左键。