使用Multiwfn和VMD绘制分子表面静电势相关图

参考链接

详细设置可以参考官方教程：思想家公社
Multiwfn和VMD安装和设置可以参考官方说明或者本站快速上手。

静电势着色的分子表面穿透图

先对复合物进行优化，然后使用gview打开优化后的结果，分次选中单体并删除其余分子，右键calculate-Gaussian-Calculation-Setup计算该化合物的单点能，设置参考：

1 2	%chk=sp-1.chk #p b3lyp/def2TZVP nosymm

需要对每个需要分析的单体做单点计算任务并得到含有波函数信息的文件，该任务中使用Gaussian做单点任务需要添加nosymm关键词，防止整体结构位置发生改变；通过formchk得到fchk文件。

基于表面顶点绘制的分子表面穿透图

在计算文件目录下执行脚本文件esppt.sh（该文件需要执行权限，然后在终端输入./esppt.sh），脚本内容如下：

#!/bin/bash
icc=0
for inf in *.fchk
do
((icc++))
#name=${inf//.fchk}
echo Converting $icc
Multiwfn ${inf} << EOF > /dev/null
12
3
0.15
0
5
mol$icc.pdb
6
EOF
mv vtx.pdb vtx$icc.pdb -f
done

将得到的文件vtx1.pdb、mol1.pdb、vtx2.pdb、mol2.pdb等文件下载到Windows系统下VMD安装目录中，点击vmd.exe，输入pt2即可。

基于静电势着色的电子密度等值面穿透图

在计算文件目录下执行脚本文件espiso.sh（该文件需要执行权限，然后在终端输入./espiso.sh），脚本内容如下：

#!/bin/bash
icc=0
for inf in *.fchk
do
((icc++))
#name=${inf//.fchk}
echo Calculate molecule-$icc
Multiwfn ${inf} << EOF > /dev/null
5
1
2
2
0
5
12
1
2
EOF
mv density.cub density$icc.cub -f
mv totesp.cub ESP$icc.cub -f
echo Calculate molecule-$icc finished
done

将得到的文件ESP1.cub、density1.cub、ESP2.cub、density2.cub等文件下载到Windows系统下VMD安装目录中，点击vmd.exe，输入iso2即可。