参考链接：
参考链接：调节平面分子间距的方法
官方下载链接：Protoplane程序
具体操作：
前文介绍了基于原子间距调整二聚体分子间距，但是研究π-π堆积时需要调节两个平面分子间距离，此时就需要使用GaussView引入一个虚原子通过原子间距代替面面间距。 我们需要知道两个面中总共4个原子（3+1）的坐标，使用GaussView打开任务文件，先找出一个面上三个原子的坐标再找出另一个面上一个原子的坐标，再打开软件Protoplane (下载) 依次输入4个原子（3+1顺序）的坐标，即可得到垂足原子的坐标以及间距，在Gaussian任务文件添加一行，原子名为X，坐标为垂足原子坐标。重新打开任务文件即可看到多出一个原子，该原子只是作为一个定位原子，不提供任何波函数，不影响体系的优化以及能量计算。 现在可以根据之前介绍的[方法]调整二聚体中两个分子的间距，并生成轨迹坐标用于相关计算，注意虚原子坐标顺序要和单体分子坐标连续。