Olex2单晶解析常用命令

记录平时使用Olex2解析单晶过程中常用的指令或技巧。
点击查看Olex2安装使用checkcif警告处理方法

分辨率截取

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shel 999 0.84

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omit -3 50

加氢

氧原子已有两个键将无法加氢,通过取消键,使得氧原子能够使用hadd自动加氢:

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2
快捷键取消 Ctrl+Shift+/        
快捷键恢复 Ctrl+/

选中所有C原子

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sel $C

常用限制命令

使用时,选中对应的原子或键,输入对应的命令。

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芳香五元环:AFIX 56
芳香六元环:AFIX 66
萘环:AFIX 116
取消afix限制:afix 0
键长限制:dfix 1.5
选中两根键,设置为等长:SADI
温度因子偏高:simu 0.01 0.02
增强刚性键限制:rigu 0.001 0.002

显示与作图

最小结构单元操作:compaq -a/-c/-q/-m

无序相关操作

固定整个分子做无序操作:part -1 -c
整个分子无序,特殊位置的原子需要偏离特殊位置:part -1 10.5
选中无序组分1:sel part 1
显示无序组分1:showp 0 1
取消无序:part 0 11
双组分无序:

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part 1
21
part 2
-21
part 0

三组分无序:

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part 1
21
part 2
31
part 3
41
part 0