天地阔远

文章出错

参考链接

详细设置可以参考官方教程：思想家公社
Multiwfn和VMD安装和设置可以参考官方说明或者本站快速上手。

静电势着色的分子表面穿透图

先对复合物进行优化，然后使用gview打开优化后的结果，分次选中单体并删除其余分子，右键calculate-Gaussian-Calculation-Setup计算该化合物的单点能，设置参考：

1
2

%chk=sp-1.chk
#p b3lyp/def2TZVP nosymm

需要对每个需要分析的单体做单点计算任务并得到含有波函数信息的文件，该任务中使用Gaussian做单点任务需要添加nosymm关键词，防止整体结构位置发生改变；通过formchk得到fchk文件。

参考链接

Multiwfn软件下载及使用手册：Mutliwfn官网

计算化学公社：论坛官网

思想家公社：博客官网

VMD下载：官网

Mutiwfn安装及设置

Multiwfn下载后直接解压，然后修改配置文件settings.ini，将Below are the parameters about system environment中的设置按照自己的需求进行修改，例如CPU线程数nthreads以及Gaussian的相关路径设置，如果没有安装Gaussian可以不用设置。Windows下使用直接点击Multiwfn.exe即可，CentOS下需要修改系统环境变量文件.bashrc（root用户为文件/etc/profile）然后终端输入命令Multiwfn进行调用，

CheckCIF中遇到的警告常见解决办法

参考链接

stda下载链接：GitHub
xtb4stda下载链接：GitHub
作者官网：Prof. Dr. Stefan Grimme
使用手册：Stda_manual

STDA介绍

stda软件通过简化TDA/TD-DFT方法计算有机分子激发态，由于采用近似方法能够大幅减少TDDFT计算耗时，因此可用于大体系（超过200个原子）紫外吸收光谱和ECD光谱的模拟或者快速模拟小分子激发态。

简介

日常管理服务器通常使用WinSCP直接登录，导致时间一长密码就忘。WinSCP存储的密码信息可以通过工具-导出/备份配置导出文件WinSCP.ini，使用软件winscppwd（下载链接或者本站下载）即可将密码信息提取出来。

用法

将winscppwd.exe与文件WinSCP.ini放在一个文件夹中，打开cmd命令行输入winscppwd WinSCP.ini即可显示出用户名和密码，或者在PowerShell 中输入.\winscppwd.exe WinSCP.ini。

参考链接：

Screen 官方站点：http://www.gnu.org/software/screen/

Screen 官方使用手册：http://www.gnu.org/software/screen/manual/screen.html

使用方法：

使用SSH登录远程服务器时，如果终端由于各种原因与服务器断开连接，那么当前运行的程序都会终止；为了避免这种情况，在CentOS（其余Linux发行版类似）中有多种方法让程序在后台一直运行。

1. 确定光路

保证980 nm激光器材光源从积分球入射光窗口进入，并且照射到样品上。

2. 确定衰减片衰减系数

首先不安装衰减片，测试空白样的光谱（965,985），增加激光器电压尽可能收集最大光子数（在仪器安全范围内）。 注意：激光器有启动电压，必须大于一定电压入射光才为激光，即光谱半峰宽为几纳米；选择合适发射光狭缝，保证光子数数目。 加入OD1衰减片，测试光谱，记录数值；增加电压，测试光谱，记录数值。 重复操作，加入不同衰减片，并记录光谱，直到达到激光器最大电压。记录光谱是为了测算衰减片衰减系数。

3. 测试样品发射光谱

加入样品，调节激光器电压（略小于最大电压）测试本身发射光谱；加入衰减片，测试激发光的光谱，即(965,985)范围的光谱。

4. 计算量子效率

对各光谱进行积分计算，根据量子效率公式及衰减系数计算效率。

参考链接：

官网链接：WebMO

Apache安装：

• 关闭SELinux：修改文件 /etc/selinux/config，将SELINUX=enforcing改为SELINUX=disabled，然后保存重启；
• 安装apache和perl